明朝张居正变法是立国后210年，而戊戌变法距离清朝开国已经过了250年。立国210年的时候，清朝正好是太平天国战争和第二次鸦片战争期间，那个时间点它的统治危机比明朝同时期要严重的多。但清朝一直没有变法，靠着海关、厘金、鸦片的税收硬撑了四五十年。“洋务运动”主要就是买买买，谈不上什么变法。甲午战争的巨额赔款和随之而来的“大借款”利息，把海关和鸦片的税收都填进去也不够，才想起来要变法，这个时候实际上已经晚了。
甲午战败之后，清朝中上层知识分子中间兴起了一股讨论变法革新的热潮。其中影响力最大的是康有为、梁启超主办的“强学会”。
康有为出身广东理学官僚地主家庭，祖父官至连州训导，父亲官至知县，其叔父康国器通过镇压太平天国发迹，升官至广西巡抚。梁启超是康的弟子，出身于广州农村地区的普通士绅家庭。广东广州长期是中国与西方交流的门户。康梁二人都长期在广州学习生活，准备科举考试的同时，也非常注意了解国际国内的最新时事变化，尤其是对日本维新变法的情况有比较深入的研究。康有为写过几本书，其中以《日本变政考》和《孔子改制考》影响最大，前者主张学习日本的维新变法实现国家自强，后者认为孔子是中国变法改制的先驱，在国内知识分子中间很有影响。
1895年，康、梁以举人身份去北京参加科举考试。康有为中了进士，被授予工部主事。梁启超没有上榜。康有为就创办了一份《万国公报》，利用报纸这种在当时还非常新颖的媒体形式宣传自己的变法主张，让梁启超担任主笔。
康有为是学贯中西的学术大家，传统儒学研究功底极深，对西方自然科学人文思想也很熟悉，又花了数年时间翻译和研读了大量日本明治维新的著作。当时昌言变法的人很多，但真正能花十多年功夫埋头研究变法，能系统的讲清楚日本俄国变法过程和西方君主立宪体制的人没有几个，康有为在这方面当属翘楚。梁启超比较年轻，才二十出头，思想深度不及康有为，但才华横溢、文笔极佳、精力充沛，《万国公报》上的文章基本都是他一个人在写。这些文章以康有为思想为后盾，臧否人物、点评时政，在京城官员中间广为流传，影响力极大。康有为因此迅速成为各方公认的变法舆论领袖。
1895年11月，康有为在京创建“强学会”，组织了一帮品级较低的清流派文官共同研究中国富强之学，力推变法维新。
强学会得到了清流派高层的政治支持。翁同龢把维新派的政治见解向光绪皇帝做了介绍，其亲信沈曾植、文廷式等多人入会并担任“正董”、“副董”等高级职位；李鸿藻的得意门生张晓谦入会且负责主持强学会日常事务，张晓谦又推荐了袁世凯、徐世昌等一批同僚入会。张之洞的亲信杨锐是北京强学会发起人，儿子张权也入了北京强学会，这是很密切的捆绑。此外，张之洞在暂时代理刘坤一的两江总督期间，支持康有为成立了强学会上海分会，其成员一大半是张之洞的幕僚谈客。
清流与维新派的结合是一件值得玩味儿的事情。因为清流在甲午战前长期多角度攻击李鸿章，被很多人判定为是反对洋务运动的“保守派”。这种看法是错误的，本书在前面已经批评过。
清流派内部政治观点多样，其中很重要的一股力量是“真改革派”，这帮人为官清廉且理想远大，张之洞和翁同龢都属于此类。
清流改革派对西方了解不多，但他们从中国古代政治传统出发，认为政治体制对国家富强的重要性高于武器、技术和经济，富国强兵的改革首先要做的是加强中央集权和肃清吏治。这一点跟明朝末年的改革派代表海瑞倒是很像。李鸿章是军阀化的地方实权大佬，又是数一数二的大贪官，因此成为他们的攻击重点。
翁同龢与李鸿章的矛盾，长期以来被解释为所谓“帝党”和“后党”的矛盾，这是有偏差的，他们两的主要矛盾是清流改革派与淮系保守派的矛盾。
清流改革派的主要问题是没有实权，只是满洲权贵们的附庸，其改革思想局限性极大而且很少有能够得到实践的机会。康有为的许多改革观点，虽然源头来自于对国外变法经验的借鉴，本质上却与清流改革派的意见相通，因此得到了他们的大力支持。
面对风起云涌的变法思潮，政治立场一向模糊摇摆的刘坤一、王文韶也跟风对强学会表态支持，出钱资助强学会。
李鸿章在甲午战争之前，作为晚清体制的最大受益人，是实权保守派，重兵在握却光知道要钱、花钱和贪钱，对深刻的体制问题视而不见。等到甲午战败，淮军力量大大削弱，自己“沦落”了，跟“清流派”差不多，几乎成了满洲权贵们的附庸。这才开始转型关注“政治体制改革”，进行新一轮的政治投机。强学会成立后不久，他就派人拿着2000两银子去资助。康有为听说是李鸿章的钱，便坚决拒绝，声称自己绝不收“汉奸卖国贼”的银子。
李鸿章眼见维新派与清流改革派联合，却拒绝与自己合作，恼羞成怒，放言道：“若辈与我过不去，看他们尚做得成官否？”?唆使自己的亲信帮手、儿女亲家、御史杨崇伊上书弹劾“强学会”，逼着强学会改名为改为官书局，负责“译刻各国书籍”，不准议论时政，不准臧否人物，让“专为中国自强而立”的强学会违失原旨。消息传到两江，张之洞见朝廷风向有变，也随即嘱咐其幕僚，将上海强学会解散。
以李鸿章在甲午之后的权势，盯着强学会打压是可以的，要想打压整个维新变法浪潮则不可能做到。他的本意也就只是要收拾拒绝跟他合作的康有为，对维新变法活动并没有什么敌意，甚至还盼望着从变法浪潮中捞取政治资本——若能把甲午战败的根源归结为“制度问题”，他和他的淮系军阀集团便有望在政治上彻底翻身。
这样，全国各地宣传维新变法的舆论浪潮便迅速壮大起来。
1896年8月，张之洞让其亲信汪康年接管上海强学会经费，用这笔钱在上海创办《时务报》，又聘请梁启超担任主笔。张之洞回任湖广总督以后，下令湖北各级机构官方订阅，在提到梁启超的时候，六十多岁的张之洞甚至把二十四岁的梁启超尊称为“卓老”（梁启超字“卓如”）。在张之洞的推动下，《时务报》成为中国历史上第一份销量超一万的报纸，迅速成为宣传维新变法的舆论中心。
1897年冬，严复在天津主编《国闻报》，成为与《时务报》齐名的在北方宣传维新变法的重要阵地。
1897年，唐才常与谭嗣同在浏阳兴办算学馆，提倡新学，在长沙办时务学堂，编辑《湘学报》。次年又创办《湘报》，宣传变法维新。
这些与康有为无直接关联的变法宣传活动都开展的十分顺利，没有再遭到朝廷打压。
光绪皇帝密切关注着这场运动。翁同龢也积极把一些维新派的著作或文章进献给光绪皇帝阅读。翁同龢对康有为评价很高，而且很早就密切关注。1888年，甲午战争之前七年，康有为托在北京做官的同乡，把《上清帝第一书》交给翁同龢，请他转呈光绪。翁同龢没有转交。这是因为康有为的做法不符合规定：平民上书需要有同乡京官的印章保结而不能 “托朋友找关系”。另外，上书中有很多不了解朝政的常识性错误和危言耸听之语，转奏会带来政治风险。但翁同龢在退回康有为奏章的同时，却摘抄了一份1500字的“精简版”留存，这说明他对奏章的内容十分重视，才会亲自手抄留存。?1895年7月，“公车上书”运动后不久，翁同龢就去登门拜访康有为。康有为不在，回来之后得知翁同龢来过，便赶紧回访。面谈之后，翁同龢在日记中写道：“此君举世目为狂生，自余观之，盖策士也。”康有为在日记中也记录了这次面谈，说：“翁常熟以师傅当国，憾于割台事，有变法之心，来访不遇，乃就而谒之……与论变法之事，自未至酉，大洽，索吾论治之书。”
——从这个事情来看，翁同龢对变法的态度相当积极。1895年7月，康有为还没有创立《万国公报》，名气不算大，也就是一个新科进士。维新变法的舆论浪潮还没有起来。而翁同龢是军机大臣兼总理大臣、两代帝师，竟然亲自登门拜访康有为，跟他讨论变法，畅谈了三四个小时。同一时期，翁同龢还拜访了赫德。他问赫德，现在推动其《局外旁观论》中的改革措施是否还来得及。?翁同龢在甲午战败后，四处拜访，寻求国家体制变革的可能性，对来自民间和外国的变法思想都持开放态度，绝不是什么保守派。电视剧《走向共和》中给翁同龢编了很多段子，将他描写为迂腐保守的顽固反改革派，却大树特树李鸿章的改革派形象，与真实史料不符。
不过，翁同龢在积极谋求维新变法的同时，却并没有向皇帝大力推荐康有为这个人。只是在光绪问起来的时候，称赞其才华“胜臣十倍”，但同时也提醒光绪，康有为言辞激进，“其心叵测”，真要让他做事可能会带来政治风险。他还担心光绪皇帝不懂“叵”字的意思，专门解释了一下，“叵测”就是不可测的意思?。
翁同龢对康有为的看法在清流改革派中具有代表性。协办大学士孙家鼐也在奏章中提醒变法心切的光绪：“康有为之为人不端，而才华尚富……愿皇上采择其言，而徐察其心术。”?基本意思就是：要采纳康有为的意见，但不要用这个人。
此后事实证明，从保护光绪和维持清王朝统治的角度而言，这样的看法相当有远见。
清流改革派之所以持这样的看法，是因为他们读过康有为的《日本变政考》和《孔子改制考》等书。康有为写的书都有个特点，就是“半真半假”：在做了大量研究工作的同时，又根据自己的政治倾向大量的编造或修改史料?。清流改革派看不起这种做法，据此推断此书作者品行存在重大缺陷。?因此，翁同龢虽向光绪介绍了很多维新派的思想，且早在1895年就直接从康有为手里索取了其著作，却始终未将这些书进呈给光绪。
此时的光绪皇帝已经在名义上“亲政”了十多年，政治经验还是有的，但国家迫在眉睫的巨大危机让他没法沉住气。他得知翁同龢明明看过《日本变政考》却不拿给他看，便大发脾气，把翁同龢骂了一顿。干脆直接下旨，让康有为把变法思想写成专折上奏。
1898年1月29日，康有为上《应诏统筹全局折》，全面阐述了自己的变法思想。
光绪抛开翁同龢这个“中间人”，直接与康有为联系，意味着他对清流改革派的强烈不满，嫌他们推动变法的速度过于缓慢。这也确实的清流改革派们的问题——他们是一群饱读诗书的文人，在官僚体系里混了几十年，又不掌握实权，动嘴的功夫强过动手的本事，面对各个利益集团的搅和与阻拦，迟迟不能采取果断行动。维新变法要指望这群人，光绪等不起、清朝等不起、中国更等不起。
通过与维新派的直接沟通，光绪在1898年6月11日颁下《明定国是诏》，宣布正式推行变法。这个诏书只有短短五百多个字，措辞相当激烈，应该是光绪亲自写的。五百多字的诏书，有一半在骂人，骂他手下的大臣们只见嘴动不见行动：
“数年以来，中外臣工，讲求时务，多主变法自强。迩者诏书数下，如开特科，裁冗兵，改武科制度，立大小学堂，皆经再三审定，筹之至熟，甫议施行。惟是风气尚未大开，论说莫衷一是，或托于老成忧国，以为旧章必应墨守，新法必当摈除，众喙哓哓，空言无补。试问今日时局如此，国势如此，若仍以不练之兵，有限之饷，士无实学，工无良师，强弱相形，贫富悬绝，岂真能制梃以挞坚甲利兵乎?”
这份诏书颁布之前，光绪跟慈禧太后做过沟通且得到了她的首肯。
慈禧对变法总体持支持态度。《明定国是诏》中列举的“开特科，裁冗兵，改武科制度，立大小学堂”这几件事儿，根本就无关紧要，谈不上多大个制度变革。建立新式学堂这种事儿慈禧主持的洋务运动搞了几十年了，现在又拿出来说无非扩大规模而已。开特科和改武科制度，都是改变一下基层行政和军事系统的人才选拔方式，对高层权力格局没啥影响，如果能把基层办事人员素质提高一点大家都乐见其成。
“裁冗兵”涉及到军权，看似敏感，却恰是慈禧最希望光绪来干的事。中央主持裁军，最后结果总是有利于中央集权不利于地方分权。甲午战败以后，趁机狠狠的裁掉一批淮军、传统绿营和老练军，省下来军费多练新军，是清廷早已确定的大政方针，而且早就已经开始着手干了。天津的新军都练了快三年了，不是等到戊戌年才开始干的。对训练新军，慈禧要亲自抓。而裁掉旧军，这是一个得罪人的事儿。当年曾国藩攻下南京以后，裁撤湘军就是慈禧主持的，整个过程惊心动魄。这种事儿光绪愿意出头背黑锅，慈禧求之不得。
与裁兵相对应是裁撤政府冗员，《明定国是诏》里边没提，但一直在维新变法的讨论范围内，之前也一直在推。跟裁兵一样，是节约财政开支的办法，也得罪人的事儿。
这些事儿，慈禧不仅不反对甚至很支持。她给光绪撂下一句话：只要你不把祖宗牌位烧了，不把头上的辫子剪了，我便不管。
有了这句话，光绪才敢大张旗鼓的开始“变法”。
但慈禧嘴上说不管，实际还是要管。《明定国是诏》颁布之后六天内，就以“太后懿旨”名义，下了几道命令：
第一、维新变法期间，新任二品及以上官员，需要到颐和园向太后谢恩。这就是不给光绪二品以上大员任用权的意思；
第二、任命自己的心腹荣禄代替王文韶担任直隶总督。并宣布今年秋天太后和皇帝将一同到天津阅兵，检查新军的训练情况，命荣禄准备一切。这是让荣禄掌握直隶地区的兵权，为可能出现的政治危机做准备。
第三、免去翁同龢一切职务，让他回家养老。其主要职位由王文韶代替。
翁同龢被免职，是慈禧和光绪都希望看到的。他夹在保守派和维新派之间，两头不讨好。保守派认定是他向皇帝推荐了康有为，皇帝则认定翁同龢压制了康有为以及其他少壮派维新人士。站在中立的角度说，作为军机大臣，翁同龢在甲午战败后的三年前虽然一直主张和研究维新变法，但始终没有拿出魄力来推动实际的改革，这样黯然收场也不算冤枉。
翁同龢的去职，标志着保守派与维新派之间再无缓冲层，双方直接冲突不可避免。
很快，光绪就召见了康有为。二人密谈了两个多小时。
会谈结束以后，光绪有重用康有为的意思，但鉴于保守派军机大臣刚毅等人的强烈反对，只给了康有为一个“总理衙门章京行走”的职位。康有为1895年中进士后，已有一个工部主事的头衔，跟总理衙门章京行走同为正六品，没有升官。此后，光绪再也没有召见过康有为。
不过，光绪还是给了康有为一个专折奏事之权。按规矩，四品以上才有专折奏事权，四品以下就需要皇帝特批。这为康有为将其变法思想转变为政府决策打开了渠道。
康有为抓住机会，开始疯狂上书。不仅自己专折上奏，还以杨深秀、郑伯鲁、徐致靖等维新派官员的名义上书，以形成“声势”，免得好像只有自己一个人在提意见一样。经统计整理，整个1898年，康有为累计上书三十多次，其中提出的大部分意见都被光绪采纳，以上谕的形式发布，成为了国家的大政方针。
汤志钧在《戊戌变法史》中把康有为的上书与光绪的变法上谕做了一个对比，并把对比结果分为三类，一类是已发上谕，二类是宣布“准备”但没有正式发布上谕，第三类就是没有回音。
康有为的大部分建议都变成了上谕发布，二类和三类只占极少数。先说没有回音的，重要的是两个：一个是立宪法、设议会；二是裁撤厘金、加增关税，把地方税变成中央税。前者涉及到在中国建立君主立宪制的问题，是对君主专制制度的根本性变革，光绪对此还缺乏准备，也不敢表态支持。后者是为了降低工商业的负担，但在甲午战争赔款的大背景下，清廷拼命凑钱还来不及，绝无可能压缩任何已有收入来源，更不用说厘金这个大税源了。至于增加关税，有利于民族工商业不利于外国企业，在列强那里很难通过。裁厘金、加关税既得罪地方势力又得罪外国列强，几乎没有实行的可能。这两个建议过于激进，连变法心切的光绪这一关都通不过，也就不存在得罪慈禧和保守派官员的问题。
直接发布上谕的改革措施，则都是能在慈禧那里过关的。整个戊戌维新期间，光绪去了颐和园12次，平均每八九天去一次，当面向慈禧汇报变法进程。前十次汇报的事情，慈禧全都表态支持，没有反驳过一条。这些内容包括振兴工商业、设立各种新式学堂培养新式人才、陆军改练洋操、筹建海军兵轮、推进裁军、政府裁员、改革科举、翻译西方书籍、派遣宗室王公游历各国等等。简单来说，都是些省钱和花钱的事儿，除了废除八股文、改用策论算是跟体制改革有些关系，其它的跟“洋务运动”没有多大区别，谈不上多大个“变法”。
真正促进慈禧和光绪皇帝矛盾激化的，隐藏在第二类中，也就是宣布“准备”施行而没有公开发布的变法措施。它们是光绪准备干，但无法说服慈禧的那个部分。第二类只有四条：裁詹事府等六衙门、开懋勤殿以议制度、准许旗人经营商业、户部编制预算并每月刊报。
户部编预算这个不算大事儿，就是开始准备还没来得及正式实施。准许旗人经营商业属于推动满汉平等的举措，在准许他们自谋生计的同时取消国家补助，这是很得罪人的，但也能节省政府支出，尚在慈禧可以接受的范围内。詹事府这种边缘化的机构裁掉也类似，会得罪一批领着国家工资吃闲饭的关系户，改革有阻力，但也还不至于出大问题。
真正激化帝后矛盾的，是“开懋勤殿以议制度”。9月13日，距离《明定国是诏》颁布刚过了九十二天，光绪宣布“准备”开懋勤殿。9月14日，光绪第十一次去颐和园向慈禧汇报此事。慈禧一反常态，无论光绪如何劝说都拒绝接受。两天后，光绪第十二次也是最后一次去颐和园，并在那里住了两天，再次试图说服慈禧也终于无效，于9月18日情绪低落的返回皇宫。第二天晚上，慈禧也从颐和园回宫，训斥光绪，终止变法，并于次日 也即9月20日宣布重新垂帘听政。
懋勤殿是皇宫中的一座书房，皇帝经常在此读书。光绪 “开懋勤殿”就是在此新设立一个议政机构。这也是康有为的主张，他在奏章中将其构架表述为：“选集通国英才数十人，并延聘东西各国的政治专家，共议政治制度，将一切应兴应革之事全盘筹算，定一详细规则，然后施行”。
康有为一直在谋求绕开军机处，新建一个皇帝直接管理的维新变法中央枢机。在《应召统筹全局折》里边的提法叫“制度局”，因遭到军机大臣们的坚决反对而作罢，便又想了个更文雅的名称“开懋勤殿”，意思不变。
此事涉及到中央枢机的变革，与朱棣设立内阁、雍正设立军机处类似。明朝以前，汉唐政府都是宰相负责制，皇帝管宰相、宰相管理政府各部门。这是一个比较健康完善的构架。但到了宋朝，文官集团把宰相制度坏玩了，相权压过了皇权，文官统兵加自身贪腐，把国家搞得一团糟，使先进文明政权亡于野蛮文明。这才有朱元璋废除宰相制度的改革，其本质是代表人民革命成果的皇权压过了代表地主士绅的相权。但宰相废除之后，皇帝直接管理行政部门精力上不允许，朱棣遂设立内阁作为补充。到明朝中后期，文官势力做大，内阁大学士逐渐成了实际上的宰相，内阁体制成为对皇权的重要约束。等到清朝建立，行政部门大多沿袭明朝，却坚决摒弃内阁体制，因其不利于满洲皇权专制。满洲刚开始采用“议政王大臣会议”作为决策中枢，皇帝需要与皇室宗亲和八旗旗主们分享决策权。后来皇权增强，议政王权力下降，康熙设立南书房，聘用一批文官负责拟旨，大政方针皆出自南书房，议政王大臣会议只讨论八旗内部事务。雍正更进一步，设立军机处作为中枢，至乾隆则完全废除议政王大臣会议体制，大权独揽。乾隆以后，君主儒家化严重，加上八旗战斗力严重下降，君权不再强势，军机大臣逐渐掌握宰相之权，内阁大学士和议政王大臣都成了荣誉职位。
朱棣设内阁的时候，内阁成员级别不高，主要就是一批皇帝信任的幕僚；雍正设计军机处，刚开始也是临时从各个部门抽调人手来办公，慢慢的才成了决策中枢。光绪开懋勤殿，接下来将如何操作，各方势力都一目了然。很显然，就是从政府部门抽调一批年轻的、品级较低但深受皇帝信任的官员入殿，协助皇帝处理奏章和拟定旨意，逐渐把军机处权力转移出去，慈禧控制二品大员人选尤其是军机大臣人选来确保自身权力的做法也就被绕过去了。这是慈禧和保守派都无法接受的。
跟朱棣设内阁和雍正设军机处相比，开懋勤殿的设想还多了一个新思路——要聘请外国专家进入中央枢机参与变法决策。这是康有为变法思路中一个比较严重的大败笔，它不仅得罪了军机处，连很多对变法持中立甚至支持态度的官员也无法接受。而康有为推荐的外国专家又极为特殊——日本离任内阁首相、甲午战争的决策者之一伊藤博文。
慈禧和李鸿章可能记不住日本天皇的名号，但对伊藤博文这四个字绝不可能忘记。甲午战争的日本首相，《马关条约》的日方签字人啊。这才过去三年，就请他过来给中国当变法顾问，这不是卖国是什么？其性质比把海关总税务司的职位交给英国人更严重。
这一建议反映了维新派在政治上的幼稚。伊藤博文不仅是一个改革者，也是一个坚定的、狂热的日本军国主义分子。他与日本军国主义势力联系密切、政治背景深不可测，不是说不当首相了就成了中立人士，与学者专家无异，可以到中国来当顾问了。康有为的基本变法思路就是学习日本，其对外政治立场也比较亲日亲英，这跟慈禧和李鸿章在甲午战争以后制定的亲俄路线相互对立。日本是否有借助维新运动在清廷内部扶持亲日派的思路呢？伊藤博文在离开日本之前，专门与天皇密谈了两个多小时，他当真是以平民的身份来游历中国吗？这是不可能的，必定肩负了某种关乎日本利益的秘密使命。伊藤博文9月11号到达天津，光绪皇帝9月13号宣布准备开懋勤殿，二者时间如此之近，难道仅仅是一种巧合？
在伊藤博文访华之前，京城的政治气氛就已经十分紧张。维新派与保守派的斗争已是火药味十足。
此时，距离光绪宣布正式变法已经过去了三个月。这三个月里，变法上谕不断下达，然而，由于不掌握二品以上官员的任用之权，人事行政权力尽数掌握在保守派手中，上谕几乎没有人执行。官员们以各种理由推脱，对裁员裁军这种事儿，绕来绕去就一个意思：没法裁，裁了就要影响地方稳定。至于其它变法事项，大家不反对，但纷纷表示没钱，钱都拿去赔款和付贷款利息了，要想建新学校、翻译西方书籍什么的可以，朝廷给钱我就办，不给就不办。
保守派官员们在思想上并不保守，主要是在利益上保守。除了少数几个迂腐的清流，大部分高官并不否认学习西方、推进变法的大方向是正确的，只是一旦涉及到要裁员花钱这些影响既定利益格局的事项，就不愿意改。
光绪很着急，也看得出来，不动人事格局，这个法就没法变。
9月4号，变法之火终于烧到了人事格局这个最敏感的问题上。几天前，礼部主事王照上书，请求皇帝亲自游历各国了解变法。礼部尚书怀塔布、许应骙等六个礼部堂官，以“言辞荒谬”为由，阻挠条陈上奏。光绪得知以后大怒，认为这六个人是在蓄意破坏他制定的广开言路、允许四品以下官民上书言事的制度，下令将六人革职。
9月5日，光绪任命杨锐、刘光第、林旭、谭嗣同这四个低品级的维新派官员为军机章京、参与新政。军机章京为四品，名义上是军机大臣的助理，实则这四个人可以直接对皇帝负责。这是光绪在绕开无权直接任命二品官员的障碍，往慈禧安排的军机处班子里“筛沙子”，架空不听话的军机大臣们。
9月7日，上谕免去李鸿章总理衙门行走的职位，仅保留内阁大学士的虚衔。
光绪这三板斧——革礼部六堂官、用军机四章京、免李鸿章实职，将路线斗争升级为人事斗争，立刻激起惊涛骇浪。
9月11日，保守派开始针锋相对的“亮剑”。他们也利用四品以下官民自由上书言事的体制反戈一击，由湖南的一个举人曾廉上书，控告康有为、梁启超有谋反言论，请求诛杀二人。
曾廉的控告是有根据的。康有为、梁启超在宣传维新变法的过程中，确实讲过一些“过激”的话，很容易被抓住把柄。曾廉举报梁启超在湖南讲学的时候，给学生们的学习心得写评语，里边有一条说如果朝廷不为民做事，人民就有权反抗；又有一条说清朝初年清军在扬州的屠城行动是“独夫民贼”的暴行。这两条在清朝的法制体系下，说是煽动谋反的言论一点问题都没有。曾廉的奏章里边夹了附片，是梁启超亲笔写的批语，可谓铁证如山。
军机四章京看到这份奏章，被吓得半死。这种奏章压不住，压了罪过更大。经内部紧急磋商，决定把关键的附件烧掉，只把正文精简抄录上奏，并附文声明这是保守势力对二人的诬告。这样既有了转交记录，又淡化了事情的严重性。光绪看了，未作批示，留中不发，把事情掩盖了过去。
这一天，伊藤博文到达天津。北京城中盛传，伊藤博文将进京拜相执掌变法大权，日本也将派遣军舰到大沽口确保伊藤权柄。
同一天，光绪传令在天津主持操练新军的袁世凯进京陛见。
接连发生了这么多事，对9月13号光绪宣布准备开懋勤殿的决定，慈禧当然绝无可能同意。她应该就在这个时间点上，做好了回京再次垂帘听政的准备。
让慈禧最终下定决心的，是伊藤博文将于9月20日与光绪皇帝会面。她无论如何不能容许光绪与日本建立起直接的信任关系。不管是清流改革派还是维新变法派，都是一群没有兵权的书生，慈禧不怕他们翻得了天，让他们再多闹腾一段时间也没有什么关系。礼部尚书怀塔布被革职后，他的老婆是慈禧家的亲戚，天天到颐和园哭着求慈禧出面主持公道，慈禧也没理她。召见袁世凯这种事，原本就是为既定的阅兵计划做安排，不算逾越之举，距离争夺兵权还差的很远。袁世凯见完光绪，被授予了二品侍郎的虚衔，随即到颐和园谢恩。这次召见说不定本来就是慈禧的意思，因为慈禧以前也没见过袁世凯，只是按照程序来，先见皇帝再见太后而已。唯独对日本，慈禧是一抹黑，完全摸不清楚套路。日本人如何出牌，不受慈禧控制，慈禧也绝无信心可以与之抗衡。因此，必须在光绪会见伊藤博文之前进行干预，不然事态发展可能会失控。
几乎可以肯定，康有为在推荐伊藤博文做变法顾问的时候，心里存了拿日本人来压过慈禧一头的心思。如果伊藤博文进了懋勤殿当顾问，以后慈禧再反对懋勤殿的决策，那就是跟日本人而不是跟维新派或光绪皇帝过不去了。伊藤博文有足够的政治能量调动列强干预中国内政。康有为这个小聪明耍的很失策，把慈禧和保守派当傻子了。
伊藤博文9月20号陛见，慈禧9月19号紧急回宫，第二天光绪会见伊藤博文的时候，慈禧本人就旁边的房子里坐着听——会谈内容实在过于关键，慈禧甚至都不放心让太监转达。
在这中间起关键作用的还是李鸿章的亲家、御史杨崇伊。伊藤博文刚到天津，他就跑到天津去跟荣禄会面密谈。然后在9月17日找到总理大臣奕劻，托奕劻在第二天面见慈禧的时候转交其密折。
这份密折先是控诉维新派图谋不轨、祸乱朝政，然后笔锋一转，说：“风闻东洋故相依籐博文，即日到京，将专政柄……依籐果用，则祖宗所传之天下，不啻拱手让人。”
在密折的最后，他正式提出恳请皇太后临朝训政。慈禧收到这份密折的第二天就返回了皇宫。
杨崇伊只是一个御史，密折内容仅数百字，如何能有这么大政治能量呢？因为他三天前专程去天津与荣禄做过沟通，又是李鸿章的亲家兼亲信，其密折由奕劻代为转奏。这三个人正是慈禧最信任的三大重臣。杨崇伊密折实际上代表了荣禄、李鸿章和奕劻的共同意见，分量极重。
杨崇伊密折和伊藤博文陛见这两个事，共同终结了“戊戌变法”。
伊藤博文陛见之后第二天，9月21日，慈禧就宣布再次临朝训政，收回了光绪“亲政”的权力，并下令捉拿康有为及其弟弟康广仁。
